El CISEN fue disuelto por Andrés Manuel López Obrador al llegar a la Presidencia de la República y lo sustituyo por el Centro Nacional de Inteligencia (CNI) en el 2018.

López Obrador siempre acuso al CISEN de haberlo espiado durante todo su activismo como opositor, es por eso que le agarro encono o coraje a dicha institución que prácticamente fue el Órgano de inteligencia de los gobiernos del PAN y PRI.

El CISEN tuvo una excelente coordinación con las agencias de inteligencia extranjeras como la CIA (EU), MOSSAD (ISRAEL), CSIS (Canadá), entre otros en donde fueron capacitados sus agentes investigadores y analistas.

No todos los agentes del CISEN portaban la charola, salvo muy raras excepciones porque su personal solía ser muy discreto y pasar desapercibido.

Solo algunos, que eran los menos usaban la charola porque les gustaba el protagonismo, eran muy vigilados sus integrantes.

Baluartes y directivos reconocidos del CISEN son el ingeniero Jorge Enrique Tello Peón, Alejandro Alegre Rabiela, Eduardo Medina Mora y Guillermo Valdez Castellanos. De allí en fuera los directores del CISEN pasaron sin pena ni gloria ni reconocimiento y vendieron a esta gloriosa institución a la mafia.

Con los directores antes mencionados, el CISEN en México realizo realmente un trabajo de Seguridad Nacional y puso fin a las persecuciones políticas y a la represión, se dedicó a la detección de los verdaderos riesgos que podían desestabilizar al país, en ese proceso estaba cuando López Obrador por un odio decide desaparecerlo.